دوره دکترای تخصصی پژوهشی (Ph.D. byResearch) يکی از بالاترين مقاطع تحصيلی آموزش عالی است که به اعطای مدرک دکتری تخصصی پژوهشی (Ph.D. by Research) می انجامد. اين دوره مجموعه‌ای هماهنگ از فعالیت پژوهشی و آموزشی است که هدف آن، تربیت متخصصينی است که با آشنايی با روش‌های پیشرفته تحقیق و دستیابی به جدیدترین مبانی پژوهشی بتوانند گامی در جهت توسعه پايدار، گسترش مرزهای دانش و ارتقاء سطح علمی دانشگاهها و مراکز تحقیقاتی کشور بردارند.

محور اصلی فعاليتهای دوره دکترای تخصصی پژوهشی، کسب دانش و مهارت از طريق پژوهش هدفمند و نوآوری در يک موضوع خاص است. آموزش، وسيله برطرف کردن کاستی های آموزشی دانشجويان اين دوره است تا راه را برای حصول به اهداف دوره هموار سازد.

دوره دکتری تخصصی پژوهشی شامل دو مرحله دوره عالی پژوهش (.Master of Philosophy) (M.Phil) و دکتری تخصصی پژوهشی (Ph.D. by Research) می‌باشد. دوره .M.Phil يک ساله و دوره تخصصی پژوهشی سه ساله می باشد، هرچند طول اين دو دوره بر اساس نظر شورای تحصيلات تکميلی در موارد ضروری به ترتيب يک و دو نيمسال تحصيلی قابل تمديد خواهد بود.

دوره دکتری تخصصی پژوهشی در مراکز تحقيقاتی مجهز و واجد شرايط پژوهشگاه که پس از احراز صلاحيت در معاونت تحقيقات و فن آوری وزارت بهداشت، مجوز مربوطه را از شورای گسترش دانشگاههای علوم پزشکی دريافت نموده اند، برگزار می شود.

شرط اوليه جهت ثبت نام در فراخوان، دارا بودن حداقل دو مقاله نمايه شده در نمايه های درجه يک بين المللی به عنوان نويسنده اول يا مسؤل به تشخيص کميته منتخب پژوهشگاه، نمره زبان مطابق با مصوبات شورای عالی برنامه ريزی علوم پزشکی و موفقيت درمصاحبه/آزمون ورودی است.

مجموع واحدهای درسی دوره عالی پژوهش، با توجه به نظر استاد راهنما و نیازسنجی به عمل آمده بر اساس پروژه تحقیقاتی مد نظر برای دانشجو از سوی شورای تحصیلات تکمیلی موسسه تعیین می گردد. در پايان دوره .M.Phil، دانشجویانی که دوره را با موفقیت پشت سرگذارند، می توانند وارد مرحله بعد شوند.

در مرحله دکتری تخصصی پژوهشی، دانشجو با استفاده از مهارت های کسب شده در يک هدف تحقيقاتی يک يا چند پروژه تحقيقاتی را متناسب با اهداف مركز تحقيقات به انجام می رساند. در صورت تشخيص مركز، دانشجو در اين دوره علاوه بر واحدهای پايان نامه، ممكن است واحد آموزشی اختصاصی متناسب با پايان نامه و رشته تخصصی را بگذراند. اين واحدهای آموزشی می بايست در ظرف حداكثر 6 ماه به اتمام برسند و اين مدت جزو مدت زمان دوره محسوب نمی گردد. دوره Ph.D.by Research با انتشار نتایج حاصل از پروژه (حداقل 3 مقاله علمی ـ پژوهشی دارای نمایه بین المللی نوع یک) و دفاع از پايان نامه ختم می شود.

در صورتی كه دانشجو نتواند هر كدام از مراحل فوق الذكر را در مدت مجاز دوره به اتمام برساند، پژوهشگاه می تواند از دادن هرگونه مدرکی (حتی گواهی .M.Phil) به دانشجو خودداری نماید. مطابق آيين نامه وزارت بهداشت، مسؤليت رسيدگی به فعالیتهای دانشجويان دکتری تخصصی پژوهشی، به عهده شورای تحصيلات تکميلی و براساس قوانين موجود می باشد.

پايان نامه و مدارك در نهايت در وزارت بهداشت ارزيابی و مدرك فارغ التحصيلان متناسب با پايان نامه ارزيابی شده، صادر می گردد.