ثبت ، کنترل و تخصیص بودجه، تهیه گزارشات و صورت های مالی به منظور ارائه به مراجع قانونی و نظارتی مانند سازمان امور مالیاتی، بیمه و حسابرسان و همچنین به مدیران عالی پژوهشگاه پاسخ به سازمان های نظارتی و در صورت لزوم دفاع از عملکرد قانونی، مسئولیت سلامت مالی به عهده این اداره می باشد و مدیریت منابع و مصارف، توسعه استراتژی های پژوهشگاه و برنامه ریزی برای رسیدن به اهداف بلند مالی از دیگر وظایف این اداره می باشد.

برنامه ریزی، هدایت، هماهنگی و کنترل فعالیت های مالی پژوهشگاه در چارچوب مقررات، قوانین ، آیین نامه ها و دستورالعمل های مصوب و ایجاد یکپارچگی و هماهنگی برای انجام وظایف محوله و درون سازمانی و سایر ذینفعان مجاز به بهره برداری از اطلاعات مالی و ایجاد بخش ها و دوایر بازده های متعدد در حیطه مسئولیت، برای تحصیل اهداف امور مالی، مدیر مالی همچنین در تدوین ضوابط ارتقاء کارکنان امور مالی نقش اساسی دارد. تامین مالی و اعمال مدیریت بر وجوه نقدی و سایر دارایی های پولی و تامین وجوه نقد اضافی در مواقع ضروری، نگهداری سوابق و مدارک مالی، کنترل فعالیت های مالی، مشخص کردن انحرافات از عملکرد کارآمد و طرح ریزی شده همچنین اعمال مدیریت در پرداخت حقوق و مزایا، امور مالیاتی، موجودی ها، دارایی های ثابت و عملیات کامپیوتری، نظارت و کنترل به منظور حفظ و نگهداری اموال و دارایی های پژوهشگاه .